Theo đó, tuyến vận tải đường thủy Việt Nam - Campuchia qua 2 cửa khẩu Thường Phước - Kok Rohka và Vĩnh Xương – Caom Samnor không chỉ khơi thông vận tải khu vực ĐBSCL mà còn đóng vai trò quan trọng trong kết nối, gom hàng khu vực cảng biển phía Nam như cảng Sài Gòn, cụm cảng nước sâu Thị Vải - Cái Mép. Từ khi Hiệp định có hiệu lực đến nay đã có hơn 2,5 triệu TEU lượng hàng container thông qua tuyến; riêng năm 2022 đạt 417.696 TEU tăng 19,7% so với năm 2021. Trong quý I năm 2023, lượng hàng container thông qua tuyến chỉ đạt 77.341 TEU giảm khoảng 25% so với cùng kỳ 2022.

Bên cạnh đó, TPHCM cũng ban hành mức thu phí sử dụng công trình, kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ, tiện ích công cộng trong khu vực cửa khẩu cảng biển trên địa bàn. Tháng 8-2022, hàng hóa tạm nhập tái xuất, hàng gửi kho ngoại quan, hàng hóa quá cảnh, hàng chuyển khẩu, hàng xuất nhập khẩu ra vào cảng bằng các tuyến đường thuỷ theo Hiệp định giữa Chính phủ Việt Nam và Campuchia về vận tải đường thủy được miễn phí hạ tầng cảng biển. Hàng xuất, nhập khẩu vận tải bằng đường thuỷ được giảm 50% mức phí. Ngoài ra, mức phí hàng hóa xuất, nhập khẩu mở tờ khai tại TPHCM hay địa phương khác cũng được điều chỉnh cùng một mức thu.

Theo Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, thời gian làm việc tại cửa khẩu Việt Nam chỉ trong giờ hành chính, không thuận lợi trong việc tối ưu hóa hiệu quả vận tải thủy. Bên cạnh đó, chưa có quy định riêng về việc thực hiện kiểm tra hải quan đối với hàng quá cảnh trên tuyến đường quy định trong Hiệp định. Ngoài ra, tàu container 200 TEU phải canh nước mới lưu thông qua được cầu trên kênh Chợ Gạo. Hiện nay, tàu thuyền của Việt Nam đi Phnom Penh không được làm thủ tục Hải quan tại cửa khẩu Koh Roka, cơ quan Hải quan phía Campuchia không có thông báo chính thức về lý do đến các doanh nghiệp vận tải. Theo quy định Hiệp định, cơ quan chức năng làm cả ngày và đêm nhưng thực tế Campuchia chỉ thực hiện trong 6 giờ/ngày. Nhằm tháo gỡ khó khăn nêu trên, Cục đề nghị, UBND tỉnh An Giang và Đồng Tháp làm việc với tỉnh Kaom Sarno, Koh Roka về thời gian làm việc ngoài giờ hành chính tại cửa khẩu.